Sebuah inovasi tidak akan terlepas dari faktor-faktor penghambat,
selain terdapat faktor pendukung juga terdapat faktor penghambat pada
inovasi. Adapun faktor penghambat inovasi sebagai berikut :
a) Faktor penghambat inovasi secara umum
Menurut Borins dalam Noor (2013:25), ada tiga faktor
penghambat inovasi yaitu:
1) Muncul dari dalam birokrasi itu sendiri
Yaitu sikap yang skeptis dan enggan berubah. Problema
terjadi biasanya terdapat pada internal pemerintahan daerah.
Hal tersebut dapat dikarenakan kepemimpinan yang tidak
inovatif (Noor, 2013:35).
2) Berasal dari lingkungan politik
Tuntutan organisasi kadang-kadang tidak bisa dipenuhi
karena lingkungan politik yang tidak kondusif seperti
penambahan anggaran, peraturan-peraturan yang
menghambat dan kepentingan-kepentingan golongan.
3) Berasal dari lingkungan di luar sektor publik
Seperti keraguan publik terhadap efektivitas suatu program,
kesulitan melaksanakan program, terutama dalam
menentukan kelompok sasaran.
b) Faktor penghambat inovasi pelayanan publik
Menurut Mulgan dan Albury dalam Dhewanto dan dkk
(2014:112) faktor penghambat inovasi pelayanan publik
sebagai berikut:
1) Target pelayanan yang tinggi menjadikan tekanan dan
beban. Keterbatasan pada setiap SDM memiliki proporsi
yang berbeda-beda. Prosedur dan sistem yang dibuat
secara rumit akan menjadi beban bagi SDM terutama pada
karyawan.
2) Keterbatasan kemampuan pemimpin dalam menghadapi
persaingan. Peran swasta dalam memberikan pelayanan
kepada masyarakat tidak kalah inovatif terhadap pelayanan
pemerintah. Ketidak mampuan pemimpin dalam
menghadapi persaingan, maka dapat sangat menghambat
atau melemahkan proses inovasi. Hal ini juga dapat terjadi
dengan adanya tekanan pada birokrasi setempat. Seperti
halnya keterbatasan anggaran untuk menjalankan inovasi.
3) Pengaturan organisasi. Pengaturan organisasi dapat terdiri
dari struktur organisasi dan proses pada pelayanan.
Struktur yang membengkak akan merumitkan jalanya
proses inovasi, akan menyulitkan dalam pemantauan
kinerja pelayanan. Begitu juga pada alur atau proses
pemberian pelayanan, apabila alur semakin banyak akan
menyulitkan bagi masyarakat. sehingga, inovasi tidak
mampu mencapai tujuanya.
4) Keengganan beresiko. Dalam suatu inovasi akan memiliki
kelebihan dan kekurangan. Begitu juga dalam inovasi
pelayanan publik. Resiko pada inovasi pelayanan publik
akan lebih mengalami kerugian, karena pemerintah akan
lebih mengutamakan kepuasan masyarakat daripada
keuntungan.